Costruiamo ELIXIR -European Infrastructure for biological information-!!!

  • 22 Nov 2014

Cari colleghi della "Federazione Italiana Scienze della Vita", l'eccezionale sviluppo delle tecnologie high-throughput, particolarmente le piattaforme di sequenziamento di nuova generazione, ha dato un fortissimo impulso alla ricerca e allo sviluppo di applicazioni biotecnologiche in ambito biomedico, ambientale e agroalimentare.

La gestione e l'analisi dei dati prodotti quotidianamente dai laboratori di tutto il mondo non può a sua volta prescindere da adeguate infrastrutture bioinformatiche, la cui realizzazione e gestione va al di là delle possibilità di singole organizzazioni locali o anche nazionali. In tale contesto si sta lavorando alla costruzione di ELIXIR (European Infrastructure for biological information), la cui missione è quella di progettare e implementare un'infrastruttura europea sostenibile per la gestione e l'analisi delle informazioni biologiche, particolarmente quelle nel campo delle scienze "omiche", per sostenere la ricerca scientifica nel settore delle scienze della vita e la sua traslabilità per la medicina, l'ambiente, le imprese biotecnologiche e la società.

In tale scenario è certamente strategica la partecipazione italiana ad ELIXIR. L'Italia ha sottoscritto nel luglio 2012 il Memorandum of Understanding per la partecipazione ad Elixir, e il CNR, per la sua diffusione territoriale e ampiezza di ambiti disciplinari, sta coordinando il nodo italiano attraverso una Joint Research Unit (JRU) che vede la partecipazione di numerose istituzioni accademiche e infrastrutturali. L'auspicio è che venga a breve sottoscritto anche l'Elixir Consortium Agreement (ECA), che sancirebbe la formale adesione dell'Italia a questa grande e fondamentale infrastruttura.

Alla luce di quanto sopra, al fine di fornire agli organi ministeriali una misura quantitativa e qualitativa dell'impatto della bioinformatica nella ricerca di eccellenza a livello nazionale stiamo promuovendo una ricognizione delle pubblicazioni più prestigiose degli ultimi 5 anni che hanno visto il contributo dei bioinformatici italiani.
Vi chiediamo quindi di indicarci i lavori, non solo di carattere esclusivamente bioinformatico, ma anche più in generale nell'ambito della Biologia Cellulare e Molecolare, della Genetica, della Biochimica, o anche altre discipline, che siano stati pubblicati a partire dal 2009 su riviste con Impact Factor maggiore di 7 e/o con numero di citazioni > 50 (Fonte: Google Scholar), e che abbiano fruito di un significativo contributo da analisi bioinformatiche per l'ottenimento dei risultati presentati.

Vi invitiamo quindi a compilare in tutte le sue parti il "form" che è stato allestito a questo scopo e disponibile al sito:

http://tinyurl.com/kb3efah

sollecitandovi anche a diffondere questa comunicazione a colleghi che non l'abbiano ricevuta e che pensiate possano portare un contributo.

Le informazioni che stiamo raccogliendo con questa ricognizione, sono consultabili online all'indirizzo:

http://tinyurl.com/p53ey73

e consentiranno di ottenere una mappatura aggiornata, anche su basi geografiche (qui http://159.149.160.51/bioinfo_map/ è disponibile una versione preliminare) della bioinformatica italiana.

I dati ottenuti saranno analizzati con la collaborazione della Società Italiana di Bioinformatica (www.bioinformatics.it) e risulteranno molto utili per la valutazione dello "stato dell'arte" della bioinformatica italiana e del suo apporto alla ricerca di eccellenza nel campo delle scienze della vita e della biomedicina.

Grazie per la collaborazione e cordiali saluti,

Graziano Pesole - Responsabile del nodo italiano di Elixir
Federico Zambelli - Technical coordinator del nodo italiano di Elixir

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